המשטרה הירוקה הינה הזרוע העיקרית העומדת לרשות המשרד להגנת הסביבה בת
חום האכיפה וההרתעה. המשטרה הירוקה עורכת מבצעי אכיפה בנושאי איכות הסביבה ועל פי דיני איכות הסביבה, אוספת ראיות בדרכי חקירה שונות (תיעוד, צילום, איסוף מידע מהשטח ועוד) ומלווה את הטיפול בעברייני הסביבה עד להעמדתם לדין.
.
דרך הפעולה
- אכיפה מנהלית על ידי קיום ביקורות בעסקים, מפעלים, רשויות וכדומה.
- ביצוע סיורי שטח.
- איסוף מודיעיני בעזרת מארבים, צילומים, הקלטות, שימוש במסוקים ועוד.
- ביצוע חקירות ופתיחת תיקי חקירה.
- אכיפה כנגד מזהמים פרטיים, מוסדות ורשויות.
סמכויות 
- סמכויות המשטרה הירוקה מוקנות על ידי השר הממונה של הגנת הסביבה והשר לביטחון פנים.
- למשטרה הירוקה לאיכות הסביבה יש סמכות לעצור עברייני סביבה ולחקור אותם.
- עריכה ומסירה ידנית של ברירות משפט לעבריינים בתחומי ניקיון, זיהום אוויר, רישוי עסקים וחוק הפיקדון.
- הגשת כתבי אישום כנגד עבריינים אלה.