בשנים אלו התרחשו אירועים בולטים בעוצמתם, בהיקפם , בחומרתם ובחשיבותם בארץ ובעולם, שהשפיעו על ההתרחשויות בתחום המדיני, הביטחוני, החברתי והכלכלי: אירועי הר הבית, אוקטובר 1990; מלחמת המפרץ ושיגור טילים לעבר מדינת ישראל, ינואר-פברואר 1991; התמוטטות המשטר הקומוניסטי; שיחות השלום בין ישראל למדינות ערב, במדריד ובוושינגטון, וחתימת הסכם העקרונות עם הפלשתינאים בשנת 1993; האצת האינתיפאדה - אירועי פח"ע, שהתבטאו בהשלכת אבנים ובקבוקי תבערה, בהצתות, בהנחת מטענים, בסכינאות, בהפעלת נשק חם וברצח אזרחים ואנשי כוחות הביטחון.
בשנים אלה, היו גלי עלייה גדולים בהיקפם ממדינות חבר העמים ומאתיופיה ("מבצע שלמה"). בעקבות הבחירות לכנסת ה- 13, ביולי 1992, חל מהפך פוליטי, ומפלגת העבודה עלתה לשלטון. היו עימותים עם המתנחלים באיו"ש ואזח"ע, עם תושבי רמת הגולן וכן עם המגזר היהודי-חרדי. המשק נחשף לאבטלה גוברת, לשביתות ולעיצומים בנושאי השכר. חלה עלייה בהיקף נפגעי תאונות הדרכים. בשנת 1993 נחשפו ארגוני חבלה בהיקף גדול, ומאות מגורשים הועברו ללבנון.
בתחילת תקופה זו הואצה האינתיפאדה, והתגברו אירועי הפעילות החבלנית העוינת (ואירועי הר הבית, באוקטובר 1990). אירועים אלה חייבו את המשטרה לשינויים במבנה, בארגון, בפריסה ובהיערכות מוגברת בתחום בטחון הפנים, ובהקצאת משאבים רבים יותר לשמירה על הסדר החברתי ועל בטחון המדינה, על חשבון פעילות במשימות משטרה קלאסיות.
המשטרה הופעלה בהצלחה במערך חירום, לאחר הכנות ואימונים, כתגובה לירי טילים לעבר מדינת ישראל, במלחמת המפרץ, בינואר 1991. הוקם מחוז ירושלים כמחוז משימתי, ובו ארבע תחנות משטרה. ניתן דגש לביטחון ירושלים בתגבור כוחות אורגניים. אורגן מחדש המחוז הדרומי. במסגרת ויסות תקני כוח אדם, נפתחו תחנות משטרה חדשות, הוקמו מפקדות קו-תפר משימתיות, למניעת חדירת מחבלים לתחומי הקו הירוק, חלה עלייה בהיקף פעילות מתנדבי משא"ז ביחידות המשטרה ובמסגרת היחידות המיוחדות. גדל היקף אחריותו של משמר הגבול בתחומי העשייה הביטחונית. מערך פלוגותיו גדל, הוקמו מפקדות חדשות, רבו משימותיו בנושא בטחון פנים ובתפקידי משטרה קלאסיים. בעקבות חתימת הסכם העקרונות עם הפלשתינאים, נדרשה משטרת ישראל להערכה מחודשת באזורי איו"ש ואזח"ע, ובמסגרת זו הוקמה מפקדת יהודה ושומרון, שהוכפפה ישירות למפכ"ל.
במקביל, נמשכה מדיניות השיפור ברווחת השוטר, וכן נמשך פיתוח מערך ההדרכה ומערכת המיון והגיוס. חלה עלייה בביקוש לשירותי המשטרה, וניתן דגש למתן שירות אמין ויעיל לציבור, תוך הגברת שיתוף הפעולה בין המשטרה לציבור. במסגרת המלחמה בתאונות הדרכים, הוקמה משטרת תנועה ארצית. נמשך תהליך הפיתוח בתחומי הטכנולוגיה, המדע והלוגיסטיקה, הושם דגש על לחימה בפשיעה החמורה. בתחום הלוחמה בסמים, הוקמה יחידת סמים במחוז הדרומי. היחידה לחקירות פנים של המשטרה הועברה למשרד המשפטים. במהלך 1992, נכנסו לשירות מבצעי שני מסוקי משטרה, העוסקים בפעילות משטרתית מגוונת.