במחצית השנייה של שנות השמונים, הונהגה המדינה על ידי ממשלת אחדות לאומית. אולם, הדבר לא מנע תסיסה פוליטית וחברתית, שהתבטאה בריבוי הגשת הצעות אי אמון בכנסת, ובהתלהטות הוויכוח בציבור הישראלי. בשנת 1985 הופעלה תכנית חירום כלכלית, וכן גברה האבטלה. נוצר מתח חברתי בשכבות החלשות, שגודלן היחסי באוכלוסייה עלה. לאחר הפוגה ממושכת, חל גידול במספר העולים שהגיעו לארץ, בעיקר מברית המועצות ומאתיופיה. באזורי יהודה, שומרון וחבל עזה, הפכו הפרות הסדר וההתפרעויות לתופעה מתמשכת. התסיסה הלאומנית החלה לגלוש בהדרגה, אם כי בהיקף מצומצם, לאזורים הערביים בירושלים המזרחית, ולמקומות יישוב נוספים בשטח ישראל. גברה תכיפות מעשי הטרור הערבי, שהתבטא בפיגועי ראווה, בהנחת מטעני חבלה, בהצתות, בפגיעה בחיילים ובאזרחים, ובניסיונות חדירה מהים.
תכנית החירום הכלכלית של שנת 1985 גרמה להקפאת סדרי הכוחות המשטרתיים. אולם, עומס הביקוש לשירותי משטרה לא פחת, אלא גבר וחייב קביעת סדרי עדיפות. כיעדים מרכזיים נקבעו המלחמה בסמים, המלחמה בתאונות הדרכים, ושמירת שלום ירושלים. שיטות העבודה וכלי העבודה המשטרתיים השתכללו, יושמו שיטות ואמצעים טכנולוגיים ומדעיים בתחומי הזיהוי פלילי, החבלה, המודיעין ועוד. במקביל להתייעלות הלוגיסטית, הושם דגש על הקניית ערכים ועל מתן חינוך לשוטר, לאור כללי אתיקה מקצועית והקפדה על טוהר המידות. במהלך תקופה זו, פעלה המשטרה רבות לטיפוח הקשר עם הציבור. במסגרת זו, הוחלפו מדי החאקי למדים בצבע כחול, שנועד להדגיש את ההיבט האזרחי, ולדש הכיס הוצמדה לוחית זיהוי נושאת שם.
בשנים 1986-1989 נאלצה משטרת ישראל לשנות שוב את סדרי הקדימויות, עם פרוץ האינתיפאדה באזורי יהודה, שומרון וחבל עזה, ועם התגברות מעשי הטרור. כוחות גדולים הועמדו לתגבור ירושלים ואזורי תסיסה אחרים במגזר הערבי (גליל, עמקים, מרכז, ונגב), שבהם אירעו הפרות סדר. הדגש בהפעלת כוחות משטרה הוסב ישירות לנושאי בטחון הפנים, והמחיר, שהיה על משטרת ישראל לשלם בתחומי העיסוק המסורתיים, כגון חקירות, מודיעין והדרכה, הלך וגדל. משמר הגבול והמשמר האזרחי שולבו בתקופה זו בפעילות המשטרתית השוטפת, בנוסף על תפקידם הייעודי בנושאי בטחון הפנים.