מדור חקירות אמון על הפיקוח והבקרה על יחידות החקירה בשטח. נוסף על כך המדור אחראי לכתיבת נהלים של חטיבת החקירות וחוזרים מקצועיים ולרענונם לפי העניין, מחשובם והפצתם ליחידות החקירה, ריכוז נתונים בתחומי פשיעה שונים וכן ייצוג המשטרה ואגף החקירות והמודיעין בוועדות הכנסת ובפורומים מקצועיים שונים. כמו כן מדור חקירות משמש מנחה מקצועי גם  בזמן אמת לאנשי החקירות במשטרת ישראל.

• פיקוח ובקרה על יחידות החקירה בשטח והנחייתן המקצועית
• פרסום נהלים של חטיבת החקירות וחוזרים מקצועיים, מחשובם והפצתם ליחידות החקירה  
• יישום הוראות חוק חקירת חשודים  
• טיפול באישים מאוימים  
• טיפול בעבירות רדיו פירטי  
• ייצוג חטיבת החקירות בפרויקט הפיקוח האלקטרוני על עצורים ואסירים והטמעתו ביחידות החקירה בשטח
• ייצוג המשטרה והאגף לחקירות ולמודיעין בוועדות הכנסת (חוקה, סחר בבני אדם, כלכלה) ובוועדות נוספות יחד עם משרדי ממשלה אחרים ואגפים נוספים במשטרה
• ריכוז נתונים בתחומים שונים, כגון: תופעות פשיעה, אישים מאוימים, עדי מדינה, אלימות בספורט ודיווח עליהם לממונים.
• איסוף חומרים ותיאום עם מפיקי תכנית הטלוויזיה "שידור חוקר"  
• ייעוץ מקצועי ומשפטי לבעיות העולות מן השטח  
• מענה לתלונות הציבור בנושאים הקשורים לחקירות