מדור חקירות אמון על הפיקוח והבקרה על יחידות החקירה בשטח. נוסף על כך המדור אחראי לכתיבת נהלים של חטיבת החקירות וחוזרים מקצועיים ולרענונם לפי העניין, מחשובם והפצתם ליחידות החקירה, ריכוז נתונים בתחומי פשיעה שונים וכן ייצוג המשטרה ואגף החקירות והמודיעין בוועדות הכנסת ובפורומים מקצועיים שונים. כמו כן מדור חקירות משמש מנחה מקצועי גם בזמן אמת לאנשי החקירות במשטרת ישראל.