ביום 28.9.05 בשעה 02:30 לערך אירעה התנגשות בין האנייה הישראלית "צים אסיה" לבין ספינת דיג יפנית בשם Shinsei Maru 3, במים בין-לאומיים הסמוכים למים הטריטוריאליים של יפן, ליד האי הצפוני ביפן - אוקאידו.
כתוצאה מן ההתנגשות קיפחו את חייהם שבעה דייגים אזרחי יפן, ודייג אחד ניצל.
מעורבות המשטרה בפרשה החלה, כאשר חוקרי רשות הספנות והנמלים בישראל, רבי החובלים אלכס גרסון ומגיד חורחה, החלו באיסוף ראשוני של ראיות ובגיבושן. ממצאי צוות הבדיקה הובאו בפני פרקליטות מחוז חיפה, לאחר שהתגבש חשד לביצוע עבירות פליליות.
החומר שנאסף הוביל להחלטה כי יש מקום לפתוח בחקירה פלילית בנוגע לאחריותם של כלל המעורבים. בהוראת ראש האגף לחקירות ולמודיעין דאז, ניצב דודי כהן, הועבר החומר לטיפולה של היחידה הארצית לחקירות הונאה (להלן: יאח"ה), בראשות תנ"צ מירי גולן.
מיד עם קבלת החומר הראשוני החל צוות החקירה המיוחד שהוקם ללמוד את המקרה, לאסוף חומר גלוי שפורסם בעניין, וכן עסק בהוצאת צווי חיפוש והמצאת מסמכים ובהכנת פקודת מבצע בנוהל מקוצר, שכן האונייה אמורה הייתה להגיע לישראל לאחר פרק זמן של כיומיים.
ב- 23 באוקטובר 2005 (יום ראשון) בשעה 07:00 החלה החקירה הגלויה. חוקרי היאח"ה עלו על האונייה "צים אסיה", שהגיעה בסמוך לאותה שעה לנמל חיפה ונקשרה שם, והוחל בביצוע חיפושים ובגביית עדויות, וכן בביצוע חיפושים וחקירות במשרדי חברת "צים" ובביתו של רב החובל אשר שהה בישראל.
ביום הראשון נאסף חומר חקירה רב, שכלל מסמכים ומכשירי ניווט מהאנייה.
מיד עם כניסתם של חוקרי יאח"ה, בפיקודה של ראש יאח"ה, לבצע חיפוש באנייה, התברר, כי מדובר בכלי שיט בעל ממדים עצומים, בן שבע קומות, ובו חדרי מגורים, חדר כושר, בריכה, חדר וידאו, חדר משחקים ועוד מתקנים כאלה ואחרים, המאפשרים לימאים השוהים באנייה להעביר את זמנם במשך חודשים רבים בים. יצוין כי ההתמצאות באוניה היא מלאכה מורכבת, שכן כלי השיט דומה למבוך, ובו אגפים ומפלסים רבים.
כבר בראשית החקירה הוברר לחוקרים כי התמודדות עם טענות שונות של המעורבים מחייבת ידע והבנה מוקדמים על מושגים ומכשירים שונים מתחום הימאות והניווט, כדוגמת Port Side, Star Board, Course recorder, Anti clutter, ARPA, וכיו"ב מכשירים ומונחים מקצועיים, אשר חוקרי יאח"ה התוודעו אליהם לראשונה. על מנת להתגבר על קושי זה נולד "מילון הימאות", אשר נערך בסיוע רבי החובלים גרסון וחורחה. חוקרי הצוות מצאו עצמם, בשלבי החקירה, לומדים ומפנימים את מילון המונחים על בוריו. במסגרת החקירות הביעו הנחקרים לא פעם פליאה על בקיאותם של החוקרים במונחים ימיים מקצועיים והבינו כי מדובר בצוות חקירה מיומן בענייני ימאות.
ככל שהתקדמה החקירה, התעורר בבירור הצורך הממשי בחומרי החקירה שנאספו ע"י רשויות החקירה ביפן, כדוגמת נתוני הרדאר בעת ההתנגשות, בדיקות מז"פ לצבע שהיה על גבי שני כלי השיט, ונתונים נוספים.
לאור מצב דברים זה הוגשה בקשה לקבלת סיוע משפטי ביפן, באמצעות המחלקה הבינלאומית בפרקליטות המדינה, ובסיוע פעיל של המחלקה לתיאום מבצעי משולב בחטיבת המודיעין.
לאחר עליות ומורדות ביכולת להביא את רשויות יפן להכרה בצרכים של החקירה בישראל ולאחר התגברות על מכשולים ביורוקרטיים וכללי נימוס יפניים, יצא צוות חקירה ישראלי לביצוע חיקור הדין ביפן. הצוות כלל שני קציני חקירות מצוות החקירה ביאח"ה, שאליהם הצטרפו שני רבי החובלים מרשות הספנות.
מיד עם הגיעם של החוקרים הישראלים ליפן, נערך מפגש רשמי עם אנשי הרשויות יפן. מטעם מדינת ישראל נכחו צוות החוקרים של יאח"ה ורשות הספנות, נציג משטרת ישראל במזרח הרחוק ועורך דין ישראלי המתגורר ביפן, ששימש כמתורגמן. מטעם רשויות יפן נכחו אנשי משמר החופים היפני, אנשי הרשות לחקר תאונות ימיות ביפן וגורמים נוספים.
המפגש החל בטקס שבו נעמדו היפנים בטור מול אנשי הצוות הישראלי והחלו במעבר מאחד לאחד, שכלל קידות ומסירת כרטיסי ביקור. בסיומו מצא עצמו כל משתתף ישראלי עם קבוצת כרטיסי ביקור, שקשה היה לדעת לאיזו דמות לשייכו. ואם לא די בכך, חלק מכרטיסי הביקור היו כתובים בשפה היפנית בלבד (שנראתה לישראלים סינית לכל דבר).
החקירות ביפן נוהלו על ידי הצוות הישראלי אשר מנה שישה משתתפים, ואליו הצטרפו כעשרה נציגים יפניים, שכללו את אנשי משמר החופים, אנשי הרשות לחקר תאונות ימיות, ומשתתפים נוספים שסיבת נוכחותם נותרה עלומה עד היום. יש הגורסים שנוכחות רבה כל כך של חוקרים יפניים נבעה מצירופם של יפנים אשר מבינים עברית, וזאת כדי ללמוד יותר על הצוות הישראלי מתוך הדברים שמוחלפים בעברית בין החוקרים. אחרים סברו כי סיבת נוכחותם נבעה מסקרנותם של היפנים, כיצד מנוהלת חקירה ע"י "חייזרים" מישראל.
במסגרת חיקור הדין ביקר הצוות הישראלי גם בספינת הדיג היפנית והתרשם באופן בלתי אמצעי מהספינה ומתא השינה הקטן שבלב הספינה, אשר שימש את צוותה. בתא זה שהה שעות ארוכות הדייג היפני שניצל, בחושך מוחלט, כשקו המים מגיע עד לסנטרו, וכל זאת עד לחילוצו בידי צוות צוללנים מיומן המתורגל לחדור לנבכי ספינות קטנות, להושיט ללכודים צינורית אוויר ולהוציאם דרך פתחי הספינה בחיבוק מיוחד.
ביום האחרון של חיקור הדין שברו היפנים את ה"דיסטנס" והזמינו את הצוות הישראלי לסעודה שכללה סאקי ומיני מאכלים, אשר לבקשת הישראלים כללו מנות שניתן לזהות את מרכיביהן..
במעמד זה סיפרו היפנים לצוות הישראלי כי צוות החוקרים הישראלי נבחן על ידם כדי לבדוק את חריצותם ואת רצינותם בחקירה.
כאן המקום להודות לשלטונות יפן על שיתוף הפעולה ועל הסיוע שניתן לצוות בדרכם המיוחדת של היפנים.
לסיכום, מדובר בחקירה בלתי שגרתית וייחודית, בעלת השלכות ציבוריות ביחסים שבין מדינת ישראל לבין יפן, אשר הצריכה התמקצעות של החוקרים בנושא ייחודי. החקירה הייתה מהירה, בפרט נוכח חיקור הדין ביפן.
על כן, מיד עם סיומו, סוכם תיק החקירה והועבר לפרקליטות מחוז חיפה, להמשך טיפול.
ממצאי החקירה העלו כי ההתנגשות אירעה במהלך משמרתו של הקצין השני, אזרח יוגוסלביה, ולצדו פעל מלח מצוות האנייה, וכי בעת ההתנגשות רב החובל, משה בן דוד, ישן בתאו שבאונייה.
במהלך החקירה הוברר כי חברת "צים" פעלה בהתאם לנהלים.
לא נמצאו ראיות הסותרות את טענת אנשי חברת "צים", לרבות אנשי צוות האנייה, ולפיה דבר מעורבות האנייה בהתנגשות עם ספינת דיג נודע להם לראשונה יומיים לאחר המקרה, עת עגנו בנמל פוסאן שבקוריאה.
ממצאי החקירה העלו כי ההתנגשות נגרמה במהלך תמרון בלתי שגרתי שביצעה אניית "צים אסיה", על פי הוראתו של הקצין השני, אשר שהה על גשר הפיקוד בעת ההתנגשות.
נסיבות המקרה העלו כי הקצין השני התרשל במילוי תפקידו ונמצאה תשתית ראייתית להגשת כתב אישום נגדו בגין גרימת מוות ברשלנות ובגין עבירות לפי תקנות הנמלים (מניעת התנגשות בים).
עוד העלתה החקירה כי גם ספינת הדיג היפנית לא נקטה אמצעים נאותים על מנת להימנע מההתנגשות עם אניית "צים אסיה".
באשר לאחריות רב החובל משה בן דוד, ממצאי החקירה העלו ליקויים בתפקודו, ושאלת אחריותו הפלילית הועברה לעיון ולבחינת הפרקליטות.