9 באוקטובר  2009 , שעת בוקר מוקדמת , נגלה מראה קשה לעובדי  האתר הארכיאולוגי עין עבדת  שהגיעו לעבודתם . אלמונים  ניפצו ושברו עמודים ובמות, פגעו בפסיפסים וכתובות עתיקות, מרחו צבע על הקירות וגרמו חבלות למזבח ולגת העתיקים.

האלמונים נעזרו  ברכבם, כדי להפיל קשתות ואבנים כבדות ועזבו את המקום לאחר שהשחיתו ופגעו באוצרות יקרי ערך , כשהם מותרים אחריהם נזקים  בעלי  ערך היסטורי וארכיאולוגי, בני מאות ואלפי שנים , אומדן הנזק  ע"י מומחים נאמד בכ- 8.3 מליון ₪ .

מיד לאחר חשיפת ההרס באתר העתיקות עין עובדת, הודיע מפקד המחוז ניצב יוחנן דנינו, כי מדובר באירוע חמור שהשלכותיו ארוכות טווח ומשטרת המחוז לא תשקוט ולא תנוח עד שיימצאו מבצעי ההרס והחורבן וימוצה עמם הדין.

מפקד המחוז הטיל את החקירה על ימ"ר נגב בפיקודו של סנ"צ יוסי כהן וביקש לרכז מאמצים תוך שימוש בכל האמצעים העומדים לרשותם.

החקירה נוהלה במקצועיות ויסודיות תחת פיקוחם מקרוב של מפקד המחוז ומפקד מרחב נגב תנ"צ אבשלום פלד, ובליווי פרקליטות מחוז דרום, רשות העתיקות, ומומחים מתחום הארכיאולוגיה וההיסטוריה.

צוות חקירה מיוחד שכלל את מיטב החוקרים  שבמפלג התשאול בפיקוד רפ"ק ערן כהן הופקד על החקירה , כבר בשלבי חקירה ראשונים , עלה חשד כי המניע למעשה הינו ,  פעילות של מנהל מקרקעי ישראל בהריסת מבנים בלתי חוקיים שבוצעה יום קודם בליווי כוחות משטרה , פעילות שתכליתה הריסת מבנים שנבנו בבניה בלתי חוקית באזורים הסמוכים לכלא נפחא ולאתר הגן הלאומי עבדת . צוות החקירה הצליח לאסוף ראיות שהובילו לזהות שני החשודים ולהפללתם. , החשודים, שניהם ילידי 1987, המתגוררים בסמוך , קשרו קשר לפגוע בעתיקות באתר הלאומי עין עבדת וזאת כנקמה על הריסת מבנים לא חוקיים, יום קודם לכן, ביישוב בו הם מתגוררים.בסיומה של החקירה גובשה תשתית ראייתית מספקת כנגד שני החשודים, וכאמור היום הגש נגדם כתב אישום עם בקשה למעצר עד תום ההליכים.